Sejalan dengan perkembangan dunia pendidikan dan kebutuhan akan peningkatan mutu pendidikan, maka Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan (dahulu Depdiknas) melakukan reorganisasi dan restrukturisasi Balai Penataran Guru (BPG) menjadi Lembaga Penjamin Mutu Pendidikan (LPMP) yang disahkan berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia No.087/O/2003 tentang Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Penjamin Mutu Pendidikan. Lembaga Penjamin Mutu Pendidikan mengalami refungsionalisasi menjadi Lembaga Penjaminan Mutu Pendidikan (LPMP) berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia No.7/2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Penjaminan Mutu Pendidikan yang telah diperbaharui dengan Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 14 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Penjaminan Mutu Pendidikan. Lembaga Penjaminan Mutu Pendidikan (LPMP) DKI Jakarta adalah unit pelaksana teknis Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Pendidikan Dasar dan Menengah. Selanjutnya melalui Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 59 Tahun 2016 diatur tentang Rincian Tugas Lembaga Penjaminan Mutu Pendidikan Provinsi Aceh hingga Papua.

Pada tahun 2022 LPMP bertransformasi kembali menjadi BPMP (Balai Besar Penjaminan Mutu Pendidikan) sesuai dengan Peraturan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia Nomor 11 Tahun 2022 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Besar Penjaminan Mutu Pendidikan dan Balai Penjaminan Mutu Pendidikan, BPMP merupakan unit pelaksana teknis Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Pendidikan Anak Usia Dini, Pendidikan Dasar, dan Pendidikan Menengah.